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El primer nombre con el que se conoció a la entidad malagueña fue Club Atlético Malagueño, fundado en 1948. Conocido popularmente como El ‘Malagueño’, adoptó la denominación de Málaga Club de Fútbol, S.A.D. en el año 1994.

En 1992 el C.D. Málaga tuvo que desaparecer por problemas económicos pero pudo seguir bajo la denominación de su filial, Atlético Malagueño, gracias a que éste pudo asumir el relevo del hasta ese momento equipo representativo de la ciudad. La Sociedad Deportiva Malagueña, equipo fundado en 1990, se convirtió entonces en el filial en categoría regional.

En la Temporada 1992-93, el C.A. Malagueño jugaba en Tercera División, y tras una exitosa campaña, ascendieron a Segunda División B, volviendo a descender en esa campaña y afrontando problemas de solvencia al igual que el antiguo equipo. En 1993 se celebró un referéndum de socios, cambiándose la denominación oficial del equipo, haciéndose legal el 19 de junio de 1994, siendo el actual Málaga Club de Fútbol S.A.D. (el filial, la S.D. Malagueña, sería a partir de entonces conocido como Málaga B).

En el verano de 2002, el Málaga Club de Fútbol participó en la extinta UEFA Intertoto Cup. El equipo dirigido por Joaquín Peiró consiguió el primer título internacional para la entidad de Martiricos el 27 de agosto de 2002 y el pasaporte para disputar, por primera vez en la historia del fútbol malagueño, una competición europea. Los blanquiazules cayeron en cuartos de final en la tanda de penaltis.

En 2006 regresó a la División de Plata, pero desde la temporada 08/09 juega en Primera, donde gozó de un magnífico segundo puesto en la 09/10.

El 11 de junio de 2010, el jeque qatarí Abdullah ben Nasser Al Thani, tras semanas de negociación, realiza la compra del club, con lo que se convierte en el nuevo dueño de la entidad, pero Fernando Sanz seguirá en la entidad en calidad de presidente ejecutivo por sus grandes relaciones con los equipos de España y en su labor como antiguo dueño del equipo, pero sobre todo por su intima relación con el Real Madrid.