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Formado en las categorías inferiores de la Cultural Leonesa, Juan Pablo fichó por el filial del Deportivo Alavés en 2000. La temporada 2002/2003 dio el salto al primer equipo para ser el suplente de Richard Dutruel. Debutó en la máxima categoría el 22 de septiembre de 2002 ante el Villarreal CF.

En 2005 abandonó el club vitoriano para jugar en el CD Numancia, donde estuvo dos temporadas como guardameta titular. Una vez finalizado su contrato fichó por el CD Tenerife el verano de 2007. Aunque empezó la temporada como titular, fue relegado al banquillo en el tramo final.

Ante esta situación rescindió el año de contrato que tenía pendiente con el conjunto tinerfeño y aceptó una oferta para regresar al CD Numancia, recién ascendido a Primera División. Jugó 37 partidos.